Le CTRI possède une vaste banque de souches microbiennes isolées sur différents sites en Abitibi-Témiscamingue et qui peuvent être utilisées selon les intérêts. Le laboratoire de microbiologie est certifié par l’Association pour la santé publique du Québec (ASPQ) comme étant un laboratoire de confinement 2. En plus de permettre d’élargir la gamme de microorganismes sur laquelle le CTRI peut travailler, les exigences liées au permis obligent un travail rigoureux avec de hauts standards de qualité. Les biotechnologies peuvent s’appliquer à divers domaines et c’est pourquoi le laboratoire travaille de concert avec les autres groupes de recherche du CTRI afin de valoriser des résidus issus autant des mines, de l’agriculture que des forêts.